Die Funktionsweise des H2-Atemtest beruht auf der Tatsache, dass bei einem Betroffenen der unter Laktose-Intoleranz leidet das körpereigene Enzym Laktase nicht oder nur noch teilweise vorhanden ist und der Milchzucker deshalb nicht in die für den Organismus verwertbaren Einfachzucker Glukose und Galaktose aufgespalten werden kann.
Der ungespaltenen Milchzucker wird im Darm vergoren und es entstehen verschiedene Gase. Diese Gase werden größtenteils wieder abgeatmet und können so gemessen werden. Das Gas das beim H2-Atemtest nachgewiesen wird ist Wasserstoff.
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